التهاب روده ماكيان يك بيماري با خسارتهاي مالي چشمگير در مرغداري هاي سراسر جهان مي باشد. كلستريديوم پرفرينژنس باكتري كومنسال روده عامل اين بيماري مي باشد. در ابتدا تلاش ها براي ساخت واكسن عليه اين بيماري بر روي آلفاتوكسين پروتئين ايجاد كننده منفد سلولي متمركز بود كه ايمني زايي جزئي را ايجاد مي كند ولي بعدها پروتئين موثرتري به نام NetB شناسايي شد. اين پروتئين نيز ايمني زايي متوسطي داشت. يكي از مهمترين عوامل مستعد كننده بيماري التهاب روده آسيبهاي بافتي ناشي از كوكسيديوز مي باشد. اين ميكروارگانيسم ها تهاجم سلولي را به وسيله يك اندامك به نام روزنه متحرك انجام مي دهند. مهمترين بخشهاي روزنه متحرك AMA1 و RON2 مي باشند. اين اختراع شامل بخشهاي آلفاتوكسين، NetB، AMA1 و RON2 در كنار هم به عنوان يك واكسن واحد مي باشد. جوجه هاي ايمن شده با اين واكسن نوتركيب به طور معني داري نسبت به گروه هاي ايمن نشده و حتي گروه هاي كنترل مثبت كه در برابر التهاب روده و كوكسيديوز محافظت شده بودند افزايش معني داري در تيتر آنتي بادي و حفاظت شدگي از خود نشان دادند. اين موضوع به اين معني است كه استفاده از آنتي ژن هاي فوق موجب تحريك اجزاي سيستم ايمني به طور وسيعي در برابر عوامل بيماري زاي التهاب روده و كوكسيديوز مي گردد.

باكتري E.coli o157:H7 يكي از پاتوژن هاي مهم در سيستم گوارش در انسان مي باشد. دام و احشام مهمترين منبع اين باكتري بوده و ضمن ابتلا به اين ميكروب مي تواننند آن را به انسان منتقل كنند جهت كاهش شيوع اين باكتري در دام و متعاقبا در انسان انجام واكسيناسيون و كنترل اين باكتري در دامها يك راهكار بسيار مناسب مي باشد. آنتروهموراژيك E.coli جهت اتصال به سلول ميزبان عوامل پروتئيني خاصي دارد كه از طريق آن بر روي سلول ميزبان كلونيزه مي شود. اين عوامل در ميانكنش با سلول ميزبان يك ساختار بخصوص ايجاد مي كند كه از نظر هيستوپاتولوژي اتصال و تخريب ناميده مي شود. پروتئين هاي Tir,Intimin و EspA توسط ژنهاي مستقر رد لوكوس كمپلكس attaching/effacing ساخته مي شود. پروتئين هاي EspA بخشي از سيستم ترشحي نوع 3 Type Three Seretion System مي باشد كه ساختار سوزني يا رشته اي را ساخته و مولكول Tir را به سلول هاي پوششي ميزبان انتقال مي دهد. در حاليكه پروتئين Intimin به عنوان لنگرگاهي در داخل غشا باكتري مستقر شده و ضمن ميانكنش و تركيب با Tir در نهايت موجب اتصال باكتري مي شود نتيجه عملكرد اين اجزاء چند گانه پديده اتصال باكتري مهاجم و در نهايت تخريب ديواره سلول ميزبان مي باشد. در روش ارايه شده يك كاست ژني مصنوعي طراحي شده است كه شامل سه بخش آنتي ژني از مولكول هاي فوق مي باشد. 282 اسيد آمينه از انتهاي كربوكسيل Intimin به همراه بخشي از قطعه Tir حاوي اسيد آمينه هاي ناحيه 258 - 361 و در نهايت 120 اسيد آمينه انتهاي كربوكسيل EspA مي باشد. اين رشته DNA مصنوعي توسط لينكر هايژ از جنس اسيد نوكلئيك خاص به يكديگر متصل مي شوند. براي اطمينان از عملكرد اين ژن مصنوعي و محصول پروتئيني آن از طريق نرم افزارهاي موجود ساختار mRNA و سپس پروتئين آن بررسي گرديد. پس از اطمينان از حفظ ساختار و عملكرد آنتي ژنيك پروتئين كايمريك به صورت نوتركيب در ميزبان Ecoli و همچنين بذر گياه كلزاي تراريخت توليد گرديد. جهت بررسي ايمني زايي از مدل حيواني موش و براي مقايسه از دو روش تزريق زير پوستي (با استفاده از پروتئين نوتركيب خالص شده از E.coli و خوراكي (با استفاده از بافت بذر گياه تراريخت) استفاده گرديد. ارزيابي آنتي بادي بر عليه سه پروتئين Tir,Intimin و EspA در هر دو گروه موشها تيتر بالايي از ايمونوگلوبوليتهاي اختصاصي بر عليه اين آنتي ژنها را در سرم موشهاي ايمن شده نشان داد. همچنين نتايج چالش با باكتري بيماريزا نشان داد كه موشهاي ايمن شده (هر دو گروه) در مقابل باكتري Ecoli O157:H7 مقاومت كرده و ضمن حفظ سلامت خود باكتري به سرعت از روده آنها پاك مي شود. در همين شرايط حيوانات گروه كنترل (مايمن نشده) علايم بيماري و پايداري باكتري درون روده خود را نشان مي دهند. نتايج نشان مي دهد كه طراحي يك آنتي ژن مصنوعي سه قسمتي كه حاوي نواحي خاصي از اپي توپ هاي باكتري Ecoli O157:H7 باشد مي تواند در حيوان مدل ايجاد ايمني كرده و به عنوان كانديد واكسن مورد مطالعات بعدي قرار گيرد.