به منظور افزايش كيفيت محصولات خشك شده و كاهش ضايعات مرحله خشكاندن مي بايد پارامترهاي اساسي سيستم براساس مقادير محاسبه شده به صورت مداوم در طول فرآيند خشك شدن كنترل گردند. كنترل دقيق اين پارامترها با استفاده از سيستم هاي كنترل خودكار ممكن است. خشكاندن اضافي و بدون كنترل علاوه بر مصرف بيهوده انرژي افزايش ضايعات را نيز به دنبال دارد. به منظور بهينه سازي بازده انرژي در خشك كن هاي خورشيدي همرفت اجباري يك كنترلر طراحي و ساخته شد. دور فن خشك كن به عنوان متغير كنترلي در نظر گرفته شد. بازده خشك كن با توجه به روابط تعيين شده و پايش دماهاي هواي ورودي به جمع كننده، هواي خروجي از جمع كننده و هواي خروجي از محفظه خشك كن با استفاده از 3 حسگر دما به دست آمد. با استفاده از نرم افزار كنترل خشك كن بازده فعلي و بازده بهينه خشك كن محاسبه و با يكديگر مقايسه شد. در صورت برابر نبودن اين دو بازده، پس از محاسبات لازم دور موتور به گونه اي تغيير مي يافت كه بازده كنترلي خشك كن با بازده بهينه برابر شود. به منظور ارزيابي سيستم كنترل خودكار، آزمايش هايي در 3 تكرار انجام شد و نتايج نشان داد كه سيستم كنترل خودكار فن قادر است به خوبي دور فن را به دور كنترلي مورد نظر براي تامين بازده بهينه برساند. هم چنين با استفاده از اين سيستم، بازده كنترلي دقيقا برابر با بازده بهينه خشك كن مي شود به طوري كه در طول يك روز كاري خشك كن همواره با بالاترين بازده خود، كار مي كند. با استفاده از نرم افزار SPSS12 آزمون نمونه هاي جفتي براي دو بازده كنترل شده و بازده كنترل نشده با توزيع t-student انجام شد و نتايج نشان داد كه با اطمينان 99% بازده كنترل شده به طور بسيار معني داري بيشتر از بازده بدون كنترل است.