متيلاسيون جزاير غني از سيتوزين گوانين در ژنوم انسان، پديده اپي ژنتيكي شايع، كه در ژنهاي دخيل در ايجاد سرطان و در مراحل اوليه بيماري رخ مي دهد. تعيين الگوي متيلاسيون DNA مي تواند در تشخيص و درمان زودهنگام سرطان مفيد باشد. همچنين مي تواند بعنوان بيوماركر براي پيش بيني خطر ابتلا، رده بندي انواع سرطان، پيش آگهي بيماري و پاسخ به درمان استفاده شود. لذا بررسي الگوي متيلاسيون امري ضروري به نظر مي رسد. مناسب ترين نمونه براي بررسي متيلاسيون، نمونه هاي تازه بيوپسي شده است. اما در بررسيهاي بعدي سرطان، بدليل محل خاص تومور، دردناك بودن نمونه گيري براي بيمار، زمانبر و پرهزينه بودن پروسه و همچنين بدليل محدوديتهاي اخلاقي، دسترسي مجدد به نمونه تازه امكانپذير نبوده و لازم است از نمونه هاي پارافينه بايگاني شده استفاده شود. تاكنون يكسري روش براي استخراج DNA از نمونه هاي پارافينه ابداع شده است، اما بيشتر روشهاي بررسي متيلاسيون نياز به DNA با خلوص، غلظت و كيفيت بالا دارند و متاسفانه كيتهاي مشابه قبلي اين ويژگيها را بطور همزمان ندارند و ضمناً پر هزينه و وقت گير مي باشند. كيت ابداعي حاضر داراي قابليت استخراج DNA از انواع مختلف بافتهاي پارافينه با كمترين هزينه و در كوتاهترين زمان و با كيفيت، غلظت و خلوص بالا مي باشد. علاوه بر اين، روش استفاده از اين كيت بسيار ساده بوده و نيازي به داشتن وسايل و دستگاههاي خاص و پيشرفته نمي باشد.

استفاده از نشانگر هاي زيستي حساس و دقيق براي تشخيص زود هنگام بيماريها و اهداف درماني در پزشكي بسيار حائز اهميت است. امروزه جديدترين و مهم ترين اكتشاف نشانگر هاي زيستي ژنتيكي، در زمينه ميكرو ريبونوكلئيك اسيدها (MicroRNA; miRNA) بوده است. اولين گام براي ارزيابي هاي ميرنا ها، ارائه پروتكل هايي براي استخراج آنهاست. انواع كيت هاي تجاري خارجي براي استخراج RNA هاي كوچك در دسترس هستند، كه اكثر آنها گران بوده و مقرون به صرفه نيستند و با مشكلاتي همراه هستند. افزايش تقاضا براي استفاده از miRNA در زمينه هاي مختلف علوم زيستي و پزشكي و نيز فقدان پروتكل عمومي براي استخراج ميرنا از نمونه هاي باليني مختلف ما را بر آن داشت تا پروتكلي را براي استخراج ميرنا از نمونه هاي بيولوژيكي توسعه دهيم. در فورمولاسيون اين روش از استات پتاسيم و كلريد ليتيم استفاده شده است كه تواناي استخراج ميكرو ار ن ها از سلول ها، بافت ها، بافت هاي بيوپسي پارافينه شده، مايعات بدن (سرم، پلاسما، ادرار، برنش ريوي، اشك، بزاق و ...) را با ميزان بالا و كيفيت خوب دارا مي باشد. نتايج ما يك روش عمومي، ارزان و سريع براي استخراج كيفيت بالا RNA كوچك معرفي مي كند كه مي تواند مطالعات انجام شده در بيان ژن در تحقيقات پزشكي را تسهيل كند. از ويژگي هاي قابل توجه اين پروتكل موفقيت در استخراج RNA از نمونه هاي مختلف باليني به خصوص سلول هاي انساني و مايعات بدن است كه نيازمند كيت هاي مختلف است. اين روش استخراج پلت فرمي براي ريزآرايه، اهداف تشخيصي و پيش آگهي و تحقيقات بيوتكنولوژي، كه كيفيت miRNA يك نياز حياتي است، ارائه ميدهد.

سرطان به رشد از كنترل خارج شده سلولها گفته ميشود كه مراحل نرمال رشد و تكثير ، تمايز و مرگ سلولي را طي نميكنند. از يك تكنيك MLPA مي باشد. تكنيك MLPAجمله تكنيك هايي كه براي تشخيص سرطان ها امروزه استفاده مي شود تكنيك با پروبهاي اختصاصي است .امروزه اميد ميرود با وارد كردن ماركرهاي PCR نسبتا ساده و حساس بر اساس اناليز كمي محصولات مولكولي شناخته شده در فرايند غرباگري و درمان بيماران اقداماتي در جهت افزايش درمان و ميزان بقاي آنها انجام شود .پروب مي باشد. در اين تكنيك پروب طراحي شده MLPA طراحي شده كه در اين پروژه براي ثبت معرفي مي گردد بر اساس روش كه قطعه مورد نظر تكثير ميابد در PCR متصل شده و تكثير ميابند, بنابراين بر خلاف DNAبه نواحي مكمل خود بر روي رشته را دارد. اين ژن PAX5 اين روش اين پروب است كه تكثير پيدا ميكند. پروب طراحي شده در اين پروژه توانايي چسبيدن به ژن در مراحل اوليه تمايز لنفوبلاست ها به لنفوسيت هاي بالغ نقش دارند و در صورت موتاسيون باعث تبديل انها به لنفوسيت هاي نابالغ شده و باعث ايجاد لوسمي مي گردد. همانطور كه در شكل ديده مي شود پروب طراحي شده توانايي تشخيص موتاسيوني را از PAX5 اسيد امينه گوانين تبديل به كدون پايان تبديل شده و پروتئين TAA به كدون GAAدارد كه در ان با تبديل كدون كار افتاده است. اين پروب مي تواند در قالب يك كيت تشخيص پزشكي باز طراحي شده و براي تشخيص در مراحل اوليه بيماري و با اطمينان و اسكرينيك بيماري لوسمي حاد لنفوئيدي در كلينيك هاي تشخيصي بكار گرفته شود.

سرطان خون رشد از كنترل خارج شده سلولهاي نابالغ خوني(بلاست ها) است كه مراحل طبيعي رشد و تمايز سلولي را طي نمي¬كنند. از جمله تكنيك هاي تاييد شده براي تشخيص اين بيماري بخصوص در 2 دهه اخير تكنيك MLPA مي باشد. كيت طراحي شده در اين پروژه كه براي ثبت معرفي مي گردد بر اساس روش MLPA مي باشد. امروزه با مطالعات زيادي كه در مورد نشانگرهاي مولكولي انجام شده است نقش آنها در تشخيص , پيش آگهي و پيگيري بيماران اثبات شده است. پروبهاي طراحي شده در اين پروژه توانايي چسبيدن به نواحي مختلف ژن PAX5 را دارد. كه اين توالي ها با مطالعات و بررسي هاي زياد بيو انفورماتيكي از بين صدها جهش ثبت شده طوري انتخاب شدند كه بيماري زا باشند.كه اين امر را با تغيير ساختار پروتين توليدي خود انجام مي دهند. اين نشانگرها در قالب يك كيت تشخيص پزشكي باز طراحي شده و براي غربالگري سريع و مقرون به صرفه در مراحل اوليه سرطان خون حاد( لوسمي حاد) در كلينيك هاي تشخيصي بكار گرفته شود.