تنش حرارتي يك مشكل جدي در پرورش صنعتي طيور تلقي مي¬شود. يكي از راه‏كارهاي مهم در راستاي مقابله با تنش حرارتي، استفاده از فاكتورهاي ژنتيكي و به‏نژادي است. در اين پژوهش با استفاده از مطالعه پويش ژنوم (GWAS) و به كمك تراشه 60 هزارتايي از ماركر SNP شركت Illumina، صفت مقاومت به تنش حرارتي در 202 قطعه پرنده نسل F2 هيبريد لاين آرين و بومي اروميه‏ي ايران، كه بر اثر يك حادثه دچار تنش حرارتي حاد شدند، جهت شناسايي نواحي ژنومي كنترل‌كننده‏ي اين صفت، مورد بررسي قرار گرفت. نتايج نشان داد انتخاب‏ بر مبناي ماركرهاي شناسايي شده (Gga_rs16111480، GGa1uGA354375 و Gga_rs14748694) و همچنين نواحي ژنومي معرفي شده (CEP78، MEF2C، VPS13A و ARRDC3)، بهبود مقاومت به تنش حرارتي و در نتيجه افزايش بازدهي صنعت پرورش طيور را به همراه خواهد داشت A method for identifying and selecting birds resistant to heat stress using genetic markers to increase production efficiency in native and commercial chicken populations

در اين اختراع، بهترين سطح از فراواني آللي نشانگري براي انجام ارزيابي ‏هاي ژنومي در صفت وزن بدن مورد بررسي قرار گرفت. در اين پژوهش از ركوردهاي 488 قطعه پرنده F2‌ حاصل از تلاقي متقابل جوجه ‏هاي سريع الرشد آرين و جوجه ‏هاي بومي كند رشد اروميه ايران در سنين 2 تا 7 هفتگي استفاده شد. نمونه خون تمام پرندگان براي استخراج DNA آنها با استفاده از روش Salting out، جمع آوري شد. نمونه‏ ها با استفاده از تراشه Illumina 60K chicken Beadchip تعيين ژنوتيپ شدند. تعداد 48379 نشانگر SNP پس از عبور از مرحله كنترل كيفيت به پنج زيرگروه با فراواني آللي مختلف (MAF) (1/0-05/0، 2/0-1/0، 3/0-2/0، 4/0-3/0 و 5/0-4/0) تقسيم شدند. پس از اعتبارسنجي و مقايسه صحت ارزيابي دو روش BLUP و ssGBLUP با استفاده از متد 5-fold cross validation (CV)، ميانگين صحت پيش ‏بيني ژنومي در روش ssGBLUP نسبت به روش BLUP براي هفته ‏هاي 2، 3، 4، 5، 6 و 7 به‏ ترتيب 03/59 %، 37/220 %، 46/0 %، 61/5 %، 45/0 % و 73/2 % بهبود داشت. همچنين، نسبت به اطلاعات صد درصد SNP ها، در هفته دوم براي هر يك از MAF هاي 1/0-05/0، 2/0-1/0 و 5/0-4/0 به‏ترتيب 6/0 %، 4/5 % و 6/0 %، در هفته سوم براي MAF 5/0-4/0 مقدار 66/16 %، در هفته چهارم براي هر يك از MAF هاي 4/0-3/0 و 5/0-4/0 به‏ترتيب 37/8 % و 05/6 %، در هفته پنجم براي هر يك از MAF هاي 4/0-3/0 و 5/0-4/0 به‏ترتيب 94/3 % و 5/4 %، در هفته ششم براي هر يك از MAF هاي 2/0-1/0 و 5/0-4/0 به‏ترتيب 31/7 % و 11/4 % و در هفته هفتم براي هر يك از MAF هاي 4/0-3/0 و 5/0-4/0 به‏ترتيب 54/7 % و 91/8 % بهبود ژنتيكي صحت پيش ‎بيني حاصل شد. ضرايب رگرسيوني پيش‏ بيني ژنومي حاصل از اطلاعات صد درصد SNP ها و اطلاعات مربوط به هر زيرگروه MAF قابل قبول بود. نتايج علاوه بر تائيد برتري ssGBLUP در مقايسه با BLUP، برتري زيرگروه ماركرهاي با MAF 5/0-4/0 نسبت به اطلاعات صد در صد SNP ها در بهبود صحت پيش ‏بيني ژنومي در هفته ‏هاي مختلف را نشان داد. استفاده از SNP هاي با فراواني آللي 5/0-4/0 در ارزيابي هاي ژنومي و همچنين ايجاد تراشه ‏هاي كم‏ تراكم نشانگري با فراواني آللي 5/0-4/0، علاوه بر تحميل هزينه ژنوتيپ پايين، مي‌تواند براي رتبه‌بندي مطمئن افراد بر اساس شايستگي ژنتيكي صفت وزن بدن مورد استفاده قرار گيرد. The process of genomic evaluation of growth trait in poultry using selective markers