جداسازي قطعات كوچك DNA و مولكول¬هاي پروتئين در ژل آگارز ميسر نبوده و بدين منظور از ژل پلي اكريل آميد براي جداسازي استفاده مي¬شود. الكتروفورز ژل پلي اكريل آميد پيچيده، گران و زمان بر مي¬باتشد. به همين دليل روش¬هايي براي الكتتروفورز ژل پلي اكريل آميد به صورت افقي به وجود آمده است اما هر كدام از اين روش¬ها نياز به ساخت دستگاهي جدا گانه براي الكتروفورز دارند. ما روشي را ابداع كرده¬ايم كه الكتروفورز ژل پلي اكريل آميد به صورت افقي و با استفاده از ژل دو قسمتي آگارز و پلي اكريل آميد انجام مي¬گردد. در اين روش DNA از چاهك هايي از جنس آگارز در ابتداي ژل وارد ژل پلي اكريل آميد شده و بقيه مسير را در اين ژل پيموده و تفكيك مي شود. از طرفي با افزايش طول بخش آگارز آن مي¬توان از قسمت آگارز ژل به عنوان ژل پشته ساز در جداسازي پروتئين¬ها استفاده كرد. بدين منظور دستگاه الكتروفورز افقي معرفي شده است كه دستگاهي دو منظوره براي الكتروفورز افقي آگارز و پلي اكريل آميد مي¬باشد.