فرآیند طراحی مشتقات جدید داروی پپتیدی با استفاده از روش های محاسبات كامپیوتری

خلاصه اختراع :

اختراع حاضر یك روش محاسبات كامپیوتری جهت طزاحی پپتیدهای دارویی جدید ارایه می كند. از آنجاییكه شناسایی یك پپتید دارویی جدید با استفاده از روش های آزمایشگاهی زمان بر و پرهزینه است، و همچنین روش های محاسبات كامپیوتری معرفی شده در منابع مختلف جهت طراحی پپتید های جدید هر یك به تنهایی نمی توانند در طراحی یك پپتید مناسب موفق باشند، بنابراین روش هایی كه بتواند این موانع را تا حدودی مرتفع كنند، ارزشمند خواهد بود. هدف اختراع حاضر این است كه یك روش محاسبات كامپیوتری مشتمل بر چند مرحله ارزیابی معرفی كند كه با استفاده از آن بتوان از روی یك پپتید اولیه كه اثرات دارویی آن تایید شده است، پپتیدهای جدیدی را طراحی كرده و جهت تولید و ارزیابی به پژوهشگران و صنایع داروسازی پیشنهاد نمود. در این ااختراع ابتدا مدل سه بعدی كمپلكس داروی پپتیدی و گیرنده ان تهیه می شود و پس از تایید صحت آن با استفاده از روش پایش آلانین موجود درنر م افزار شبیه سازی مولكولی AMBER اسید آمینه های موثر پپتید دارویی در برهمكنش با گیرنده شناسایی می شود. در مرحله بعد با استفاده از نرم افزار MAESTRO تمامی اسید آمینه های پپتید دارویی به جز آن هایی در پایش آلانین موثر شناخته شده اند، تك به تك به تمامی اسید آمینه های طبیعی موجود تبدیل و پایداری كمپلكس حاصل از پپتیدهای طراحی شده با گیرنده محاسبه با با پایداری كمپكس پپتید دارویی با گیرنده مقایسه می شود. پپتیدهایی كه به این روش طراحی شدند با نرم افزار دیگری به نام PDBePISA دوباره مورد بررسی قرار می گیرند و آن هایی قدرت اتصالی بالاتری نسبت به پپتید دارویی به گیرنده دارند انتخاب می شوند. در نهایت با استفاده از مطالعات شبیه سازی مولكولی انرژی پیوند پپتیدهای طراحی شده به گیرنده محاسبه می گردد و پپتیدهای مناسب طراحی شده جهت تولید و ارزیابی خصوصیات اتصالی جهت مطالعات آزمایشگاهی پیشنهاد می شود.