مالتي پلكس PCR با توانايي تشخيص همزمان كليفرم گرماپاي (اي كلاي)، كليفرم كل ( كلبسيلا، اي كلاي، انتروباكتر، سيتروباكتر و سراشيا) و كلستريديوم پرفرينجنس در آب طراحي شد. آب منبع مهم بسياري از بيماري هاي عفوني در انسان است. تشخيص آلودگي ميكروبي آب با روش كشت علاوه بر هزينه بالا، سرعت پايين و محدوديت هاي فراواني دارد. روش PCR يك جايگزين اميدواركننده براي تشخيص همزمان اين باكتري ها است. در اين تحقيق، PCR مالتي پلكس را براي تشخيص ژن‌هاي lacZ، uidA و plc به عنوان شاخصي از حضور كلي فرم‌هاي كل، اشريشيا كلي و كلستريديوم پرفرنجنس توسعه داديم. در ادامه، 33 نمونه آب و فاضلاب استان خراسان رضوي با استفاده از روش‌هاي استاندارد كشت و اين Multiplex PCR براي مقايسه مورد آزمايش قرار گرفتند. Multiplex PCR نه تنها با نتايج كشت تاييد شد، بلكه از دقت و وضوح بيشتري نيز برخوردار است. نتايج آزمون هاي اعتبار سنجي نشان داد كه روش Multiplex PCR طراحي شده برتري قابل توجهي نسبت به روش كشت معمولي دارد.