تعيين ساختار سه بعدي كمپلكس هاي پروتئيني يكي از مشكلات اساسي در صنايع بيوتكنولوژي و دارويي مي باشد. زيرا علي رغم پيشرفته هاي انجام شده، بيان چندين زير واحد بصورت همزمان بسيار سخت است. در اين اختراع يك روش سريع و ارزان ارائه شده است. در اين روش از اطلاعات تكاملي و توالي اسيد آمينه اي پروتئين استفاده مي شود. اولين مرحله اين فرايند شامل پيدا كردن الگو هاي ساختاري و نحوه توزيع دوميني مي باشد. سپس براي هر توالي پروتئين 10000 مدل ساخته مي شود و بهترين مدل انتخاب شده در طي شبيه سازي مولكولي از لحاظ انرژي بهينه مي شود. در نهايت نحوه تداخل زيرواحد ها با استفاده از روشهاي docking پروتئين – پروتئين بدست مي آيد. ساختار حاصل از اين فرايند در طراحي تركيبات مهاركننده تداخل پروتئين – پروتئين كاربرد دارد و همچنين مي توان با به دست آوردن ساختار سه بعدي كمپلكس هاي پروتئيني ، زيرواحد هاي حياتي را مهندسي كرد. با به دست آوردن ساختار پروتئين هاي دخيل در بيماريهاي مختلف مانند سرطان مي توان تركيبات دارويي جديدي را طراحي كرد.