دسته اي از روش هاي طراحي دارويي ساختاري در اين سال ها رشد يافته كه به نوعي به ساختن ليگاند مربوط مي شوند. به اين روشها، ساخت de novo ‏ ليگاند گفته مي شود. در اين حالت مولكول هاي ليگاند در داخل محدوده ي فضايي و شيميايي پاكت اتصال، با ساخت قدم به قدم از قطعات اوليه، توليد مي شوند. اين قطعات مي توانند اتم ها با بلوك هاي شيميايي شناخته شده موجود در داروها، باشند. مزيت مهم اين گونه روش ها آنست كه ساختارهاي جديدي كه در داخل هيچ پايگاه داده اي از مولكول هاي موجود شيميايي نيست، مي توانند ساخته شوند و به عنوان الگوهاي دارويي پيشنهاد ‏كردند. اين گونه روش ها، با تعيين جايگاه اتصال آغاز مي شود. جايگاه بر هم كنش، فضاييست كه توسط عناصر ساختاري خود گيرنده اشغال نشده باشد و ليگاند بتواند در آن جايگاه، به شكل مطلوب يا پذيرنده بر هم كنش دهد. پس از تعيين جايگاه هاي بر همكنش، مرحله ي بعد در ساخت ليگاند، استفاده از توابعي است كه به بر همكنش هاي ليگاند-پذيرنده در مراحل ساخت ليگاند امتياز مي دهند. ‏چنانچه ساختار سه بعدي يك پروتئين هدف زيستي در دسترسي نباشد، ولي يك يا چندين مولكول متصل شونده به آن شناخته شده باشند. روش هاي مبتني بر ليگاند، راه حلي جايگزين ارائه مي دهند. اين كونه نگرش ها، براي بسياري از پروتئين هاي غشايي مئل پذيرنده هاي متصل به G-پروتئينها صادق مي باشد. ار اين گونه روش ها، معمولا خود ساختار يا توپولوژي ليگاندهاي شناخته شده، در نظر گرفته مي شود. علاوه بر قدرت اتصال به پروتئين پذيرنده و شباهت به ليگاند دارويي، روش طراحي ليگاند به نوعي از روش بهينه كردن كه خصوصيات دارويي مشخص، كه شامل جذب، پخش، توزيع، متابوليسم، ترشح و سميت ADMET) ‏) مطلوب يك تركيب به خصوص مي باشد، نيازمند مي كند. براي در نظر گرفتن اين محدوديت ها و د‏ر نتيجه حذف بخش زيادي از ليگاندهايي كه با وجود ‏داشتن بر همكنش هاي قوي با پذيرنده، فاقد خصوصيات مطلوب دارويي هستند، معمولا به روش هايي استناد مي شود كه ميزان شبه-دارو بودن يك تركيب مشخص را تعيين كنند. ‏در اين طرح هدف طراحي و ارائه فرآيندي علمي جهت ساخت و ارائه تركيبات شبه داروئي جديد هدف با خواص مطلوب مي باشد. ساختمان داده ي به كار رفته شده در اين فرآيند، شكل خاصي از ساختمان داده ي SMILES ‏ به نام SMILE connected dot ‏ است. عمل گرهايي كه براي توليد ساختار و ايجاد ‏جهش به كار بسته مي شوند. سه عملگر جايگذارنده، اضافه گر و هرس گر مي باشند. د‏و عملگر اول، از كتابخانه قطعاتي استفاده مي كنند كه توسط كاربر به عنوان ورودي به الگترريتم داده شده است. براي تشكيل تركيبات نسل بعد از عملگر كراس آور طبق تعريف جديد از اين عمل گر استفاده مي نماييم. براي انتخاب افراد از نسل قبل و تشكيل نسل بعد از انتخاب چرخ رولتي استفاده مي نماييم. انتخاب بر اساس نسبت مساحت هر فرد در روي چرخ رولت صورت مي گيرد. مساحت اين برش با شايستگي فرد تناسب خطي دارد. چرخ به تعداد افراد ‏جمعيت دور مي زند و در هر بار توقف بر حسب اين كه كدام برش د‏ر برابر نشانگر قرار گيرد، فرد ‏را انتخاب مي كند. براي تعيين مقدار هدف عددي در محدوده ي صفر تا جمع شايستگي هاي اعضاي جمعيت، عددي به تصادف انتخاب مي شود، سپس شايستگي هاي اعضاي ‏جمعيت بسته مي شود تا آن مقدار هدف به دست آ يد. در فرآ يند طراحي شده، امكان استفاده از شرط اتمام تعداد نسل ها وجود دارد به اين معنا كه فرآ يند هنگامي پايان مي پذيرد كه تعداد نسل هاي مشخصي را طي كرده باشد.